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尼奥探寻自己使命背后真相，为自己的行动寻找一个可以接受的理由。与此同时，矩阵系统决定先下手为强，派遣了为数25万的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地。尼奥他们决定再次潜入矩阵，从内部破坏它。在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中，尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难：敌人的能力已升级，数量更是大大增加。